São muitas as condições que podem causar um aborto espontâneo. Alguns fatores combinados, inclusive. Dentre eles as causas genéticas são as mais frequentes. Cerca de 60% dos casos de aborto que são investigados apontam como causa as alterações genéticas no embrião. As causas genéticas também podem incluir algumas anomalias monogênicas. Outro fator determinante é o impacto da idade materna já que o risco de aborto devido a alteração genética é de 10% em mulheres com menos de 35 anos, e de 50% em mulheres com mais de 35 anos.
Além das alterações cromossômicas, outras causas comuns são alterações da anatomia do útero, miomas maiores que 4 centímetros, pacientes com trombofilia, diabetes, distúrbios da tireoide e hábitos como tabagismo, obesidade, alcoolismo ou uso de drogas.