Todos os meses, o endométrio fica mais espesso, para que um óvulo fecundado possa se implantar nele. Quando não há gravidez, no final do ciclo ele descama e é expelido na menstruação. Uma das teorias para explicar o aparecimento de endometriose é que um pouco desse sangue migra no sentido oposto e cai nos ovários ou na cavidade abdominal, causando a lesão endometriótica. As causas desse comportamento ainda são desconhecidas, mas sabe-se que há um risco maior de desenvolver endometriose se a mãe ou irmã sofrem com a doença.
É importante destacar que a doença acomete mulheres a partir da primeira menstruação e pode se estender até a última. Geralmente, o diagnóstico acontece quando a paciente tem em torno dos 30 anos.